首府（此时兼梁国公府）为最高权力中枢，因为“府3元首用了，所以州府并列的行政区域里面取消“府”“道”下面只有“州”如东平府和东昌府改为东平州和东昌州，至于登州、青州，本身就是州，只称呼为青州、登州即可，没必要在州后面再加州。不过平常人家的府邸用姓加府，如“卢府”则不在
止范围内。元首府原本下辖六部二处一署，即军机部、政治部、组织部、后勤部、装备部、建设部，参谋处￠记处和廉政公署，后来发现这个划分太简单、太笼统、又有些混乱，跟宋朝等诸多封建朝代的三省六部的划分方法一样糟糕，便决定在对外战争爆发之前先定好编制，分配好人手，不至于出现机构少、杂事多、百姓或士卒跑断腿都找不到合适的部门为自己处理问题的情况，也不希望出现各个部门互相推诿扯皮的情况。
从政和六年开始构思和慢慢推行，到政和七年元月，便将新的军政结构编制推行到了卢俊义所有占领的区域。
新的编制下，元首府仍为最高权力中枢，下辖二院四署二处，二院为军务院和政务院，四署为廉政公署、情报总署、宗教事务署、
派事务署，二处为秘书处和侍卫处。军务院为元首府指挥下的最高军事领导机构，是将赵宋朝廷的兵部和枢密院并轨在一起，军务院的统领称为“首督”全称是“都督之首”现由元首卢俊义兼任。
新编制下的军务院辖有总作战部、总参军部、总后勤部、总装备部、总建设部和军校。
总作战部，负责
卫军、警卫军和民兵的编制、训练和作战，负责所有陆军、水军、海军≮兵和其他兵种的编制、训练和作战，管理所有级别的军事将领，有卢俊义执掌。总作战部下辖作战部、卫部、警卫部、陆军部、水军部、海军部、火器部和军情部。作战部，负责组织实施战略、战役计划，指挥和实施各军种、战区的作战行动，由卢俊义执掌。卫部，负责卫部队的发展、训练和调度，有赛秦琼王进执掌。警卫部，负责警卫部队的发展、训练和调度，有飞天虎扈成执掌。陆军部，负责所有陆上军队的编制、训练和调度，有大刀关胜、双鞭呼延灼执掌，下辖骑兵司，负责所有骑兵的编制、训练和调度，有豹子头林冲、双
将董平执掌；弓弩司，负责所有弓弩包括弩炮兵的编制、训练和调度，有花荣、项元镇执掌；长司，负责所有长兵的编制、训练和调度，由金将徐宁执掌。火器部，负责所有火和火炮兵的编制、训练和调动，由轰天雷凌振执掌。水军部，由李俊、刘梦龙负责所有河
湖泊上的水师的编制、训练和调动。海军部，由李俊和孙立负责所有海军的编制、训练和调动。情报总署在总作战部内设有一个分支机构，为军情部，由鼓上蚤时迁执掌，负责对敌方军事情报的搜集。很显然，总作战部跟后世的总参谋部类似，但似乎没有参谋们什么事情，乃是因为总作战部类似总决策，参谋却是在总参军部的编制里面。总参军部，这迥然不同于后世那个总参谋部，像是总参谋部和总政治部的综合体，但远没有后世那么强悍。总参军部里天机先生许贯忠任总参军，神机军师朱武与入云龙公孙胜任副总参军。参军的职责除了参赞军机外，还负责发展复兴
组织和宣传复兴的思想，还负责审核军功、纠察过错的军法职责。所以总参军部辖有军功部、军法部、组织部和宣传部。军功部，负责审核将士军功，确认将士的军衔和军职擢升幅度，由圣手书生萧让、玉臂匠金大坚执掌；军法部，负责普及宣传军法、审核将士罪过、执行军法、监督军纪和监控劳改，由铁面孔目裴宣、铁臂膊蔡福执掌；组织部，在军中发展复兴组织和配合军功部、军法部，完成对将士们军衔和军职的擢升；宣传部则由铁笛仙马麟、铁叫子乐执掌，向卢俊义负责，受卢俊义指导，负责军队对内、对外、对民的三重宣传。总后勤部，由神算子蒋敬执掌，辖有财务部、军粮部、军屯部、军牧部、军服部、军医部、船舶部等，同时还辖有十多个大型物资生产供应的工场。在连级设立军需官来掌管粮饷和其他物资，发放粮饷时，所有士兵都在场，由军需官、参军和连长一起发放。财务部由蒋敬执掌，除了负责军中物资供应费用的统计，还掌管、统计所有粮饷的支入支出，跟政务院财政部密切合作。军粮部负责联系地方政府凑集军粮、牲畜养殖屠杀、炊事等，由扑天雕李应和
刀鬼曹正负责。军屯部负责警卫军和卫军的屯田，由陶兄长陶宗兴负责。军牧部，负责马匹的采购、喂养)t病，由紫髯伯皇甫端、金
犬段景柱执掌。军服部，负责所有军服、棉被、军旗、帐篷等的设计制造供应，由通臂猿侯健执掌。船舶部，负责江河湖海上的大小船舶的设计制造，由玉幡竿孟康、叶
二人执掌，在密州、登州、海州、楚州等地兴建了多处大型船厂。军医部由神医安道全的弟子夏展执掌，负责宣传健康医疗知识、救治伤兵、防止瘟疫，从连级开始有医疗班之至到师级有野战医院，渐渐地战地医生、护士、医疗器械都开始齐全，不再完全仰仗中医。总装备部，负责组织领导全军的武器装备建设，由卢俊智执掌。下面设有军事科技部，负责新武器盔甲的设计、攻城防御器械如弩炮的设计制造，由卢俊智执掌；常备部（常规装备部），负责制造供应常规兵器、弓箭、盔甲等，由金钱豹子汤隆执掌；火器部，负责火葯、火炮、火
等诸多热兵器的制造，由轰天雷凌振执掌；军事矿产部，负责开采铁、煤和石油。这个总装备部将后世的总装备部和国防科工委都囊括进去了。总建设部。辖有城垣部、工事部、营房部、军用交通部。有青眼虎李云和九尾
陶宗旺负责。辖有浩大地工兵和建筑兵队伍。都是从警卫军中征调地。全面负责所有军民设施地建设。使得卢俊义势力内地每一栋建筑都能为军事目地做出贡献。等于后世总后勤部地一部分部门和国务院里建设部、铁道部、交通部地整合。在泰山、鲁山、蒙山相继开办了梁山军校地分院。梁山军校虽名为军校。实际上却是军政两用人才地培养摇篮。基于对这个时代人才地失望。卢俊义决定自己培养军政人才。
谤据军政分开地原则。政务院类同于后世地国务院。因为人才不足和时代局限。机构要简化很多。但比起这个时代地三省六部还是要健全不少。
政务院地领导人称为“首相。”首任首相为张叔夜。政务院下辖有总外
部、总农业部、总工业部、总商业部、总文化部、总保障部、总财政部、总教育部、总人事部、总专卖部。总外
部辖有外部、统战部。由燕青执掌。总农业部辖有农业部、民屯部、水利部、林业部、牧业部、粮食总局、国土资源部。暂由侯蒙执掌。后来农学家陈旉前来执掌。总工业部将后世地工业部、矿业部、环保总局、质检总局〕品葯品监管局、安全监管总局等杂糅在一起。暂时有卢俊孝执掌。总商贸部辖有工商总局、商务部⌒舶司（海关总署）。暂由卢俊游执掌。总文化部辖有文化部、宣传部、出版总局、体育总局、知识产权局、旅游局、文物局等部门。暂时也有燕青执掌。总保障部辖有民政部、卫生部、中医葯局、邮政局、人口促生委、劳动保障部等部门。由张叔夜执掌。总财政部辖有财政部、统计局、钱币局、仁义钱庄（同人民银行）、税务总局、审计署。暂由蒋敬担任。总教育部则杂糅了教育部、中科院、社科院、工程院、发展研究中心、科技部、地震局、气象局、测绘局、自然科学基金会、信息产业部等后世部门。暂由宗泽执掌。后来找到沈括后人执掌。总人事部包括人事部、监察部、组织部等部门。暂有张叔夜执掌。总专卖部负责对盐、茶、酒地专卖（
后还有烟草）和金银铜矿地开采。暂由卢俊信执掌。最后还有一个总司法部。负责法律地制定、案件地审理核查、监狱。将后世地司法部、法院和检察院都同归在一起。由裴宣、杨雄等执掌。
廉政公署依然有周执掌，对所有官员和将领都有调查之权，公署内辖有信访局。
之所以将军情部提高到总署的级别，乃是卢俊义上次被鬼脸儿杜兴出卖后特设的，情报不仅仅要对敌人和其他盟友势力，更要对准内部，一百个胜利有时候也抵不过背后的一刀。升级后的情报总署是后世国安部、档案局、保密局、锦衣卫的杂糅，是中央情报局和联邦调查局的融合，总署内三个领导三个方向，石秀调查内部，时迁调查敌人，而王定六调查盟友。
宗教事务署和
派事务署其实是将玄教和复兴提高到军政同等高度，便于发展玄教和复兴去挤
其他教派和派。秘书处只是记述卢俊义的命令和转呈下面的情报文书，由李师师和钱燕儿担纲。
侍卫处是自从上次被伏击事件一来特地增加的，由武松带四百名高手
夜保护元首府。
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